Tiền đề trung tâm của cả ba chiến dịch là như nhau, mặc dù mỗi phần là một biến thể khác nhau của cốt truyện. Đối mặt với thất bại trong tay quân Đồng Minh (có lẽ là sau kết thúc của Red Alert 2: Yuri's Revenge), Tướng Nikolai Krukov và Đại tá Anatoly Cherdenko sử dụng một cỗ máy thời gian bên dưới điện Kremlin để quay ngược trở lại Bỉ vào năm 1927 tại Hội nghị Vật lý Quốc tế và loại trừ Albert Einstein. Điều này ngăn Einstein tạo ra các công nghệ cho phép Đồng Minh đánh bại Xô Viết trong các trò chơi trước đó. Trở lại hiện tại, Krukov phát hiện ra rằng Cherdenko là Thủ tướng Liên Xô và Xô Viết đang gần như chinh phục toàn bộ châu Âu. Tuy nhiên, do không có sự tồn tại của Einstein, Empire of Rising Sun đã trỗi lên ở Nhật Bản và tuyên bố chiến tranh chống lại quân Đồng Minh và Xô Viết với mong muốn thống trị thế giới, cái mà họ gọi là Thiên mệnh. Thế giới do đó rơi vào một cuộc chiến tranh ba chiều giữa Liên bang Xô viết, quân Đồng Minh và Empire.

Không giống như người tiền nhiệm của nó, Red Alert 3 đã chủ yếu là có các đoạn phim hài hước/nửa nghiêm túc, chẳng hạn như khi Tướng Krukov nói với Dasha: "Our enemy was thrusting deeply into the motherland's tender nether regions", khiến cô có biểu hiện bối rối trên mặt.

Xô Viết

Trong chiến dịch của Xô Viết, Cherdenko đầu tiên bổ nhiệm tư lệnh mới của Xô Viết (người chơi) đẩy lui lực lượng Empire khỏi lãnh thổ Xô Viết ở Leningrad và các vùng lãnh thổ khác, sau đó xâm lược Nhật Bản và giết chết Nhật hoàng Yoshiro trước khi tiếp tục các cuộc tấn công chống lại quân Đồng Minh. Khi lực lượng Xô Viết tấn công cung điện của Yoshiro trên núi Phú Sĩ, tuy nhiên, hóa ra đó lại là một mồi nhử và Empire cho thấy một căn cứ lớn về phía bắc, và ba Tư lệnh của Empire xuất hiện với ý định tiêu diệt các lực lượng của Xô Viết ở đó. Sau khi 3 vị Tư lệnh của Empire bị đánh bại và cung điện bị phá hủy, Yoshiro xuất hiện trong con robot King Oni cá nhân của ông và định tiêu diệt người chơi nhưng cuối cùng cũng bị đánh bại và giết chết, khiến Empire phải đầu hàng. Sau đó người chơi tấn công tiêu diệt quân Đồng Minh ở Geneva và cơ sở nghiên cứu ở Mykonos. Bằng cách vu cho tướng Krukov có ý định ám sát mình, Cherdenko đã dùng người chơi để loại bỏ vị tướng này tại căn cứ không quân Von Eisling. Tiến sĩ Zelinsky, nhà khoa học đã tạo ra cỗ máy thời gian, thông báo cho các người chơi rằng các sự kiện xảy ra là do Xô Viết đã cố gắng để thay đổi quá khứ, và rằng Cherdenko ban đầu không phải là Thủ tướng Xô Viết. Cherdenko sau đó khi cố gắng tiêu diệt người chơi vì cho rằng người chơi quá nguy hiểm khi biết quá nhiều thông tin nhưng thất bại và ông ta được cho là đã chết sau khi người chơi phá hủy pháo đài của ông ta được đặt trong ngọn núi lửa sau khi tiêu diệt Nguyên soái Bingham tại đảo Phục Sinh. Sau khi giải quyết xong với Cherdenko, người chơi liền mở một cuộc tấn công vào New York để buộc lực lượng Đồng Minh phải đầu hàng. Chiến tranh kết thúc với việc người chơi trở thành Thủ tướng kế tiếp của Liên Xô, trong một thế giới mà không có một thế lực nào có thể ngăn chặn sự bành trướng của Xô Viết.

Đồng Minh

Chiến dịch Đồng Minh cho thấy Nguyên soái Bingham ra lệnh cho người chơi bảo vệ biên giới châu Âu. Người chơi đã đánh lui cuộc xâm lược của Xô Viết tại bờ biển Anh, sau đó chiếm lại Cannes và phá hủy sở chỉ huy của Xô Viết tại Heidelberg. Tuy nhiên, các cuộc giao tranh lại khiến cả hai bên dễ bị tổn thương, cho phép Empire of the Rising Sun gửi pháo đài nổi của mình để phong tỏa quân Đồng Minh và Xô Viết. Điều này buộc Đồng Minh và Xô Viết liên minh với nhau để chống lại Empire (mặc cho sự phản đối của Tổng thống Mỹ Ackerman).

Liên quân liền chiếm lại cảng Gibraltar và sau đó mở một cuộc tấn công vào pháo đài nổi của Empire tại Bắc Đại Tây Dương và thành công trong việc vô hiệu hóa nó. Vào lúc này, Ackerman nổi giận với Thống soái Bingham bởi liên minh của ông với Xô Viết và có sáng kiến tiêu diệt Moskva với một siêu vũ khí laser được đặt trong núi Rushmore. Bingham ra lệnh cho người chơi vô hiệu hóa siêu vũ khí đó và giết Ackerman.

Với việc liên minh đuọc bảo đảm, Đồng Minh lên kế hoạch cho một cuộc tấn công vào Tokyo để tiêu diệt toàn bộ ban lãnh đạo quân sự của Empire chỉ với một cuộc đột kích và đó là một trận chiến quan trọng bởi vì Bộ Chỉ huy Tối cao của Empire đã ra lệnh phá hủy một số thành phố phương Tây. Trong khoảng thời gian này, Xô Viết dẫn đầu bởi Tướng Krukov đã dự định đưa "có thể toàn bộ" hải quân Xô Viết để hỗ trợ lực lượng Đồng Minh. Sau nhiều lần trì hoãn thì Xô Viết tuyên bố rằng với hạm đội của họ đang ở rất xa và gặp "rắc rối cá nhân" nên quyết định không tham gia và sẽ để người chơi một mình đối phó với các lực lượng của Empire.

Sau trận chiến, Tiến sĩ Zelinsky đào ngũ sang Đồng Minh, báo cáo lại về việc Thủ tướng Xô Viết đã đi ngược thời gian để thay đổi hiện tại cùng với các hậu quả do việc sử dụng máy thời gian, và cảnh báo họ về lực lượng xâm lược của Xô Viết đang được xây dựng ở Cuba, chứng minh rằng Ackerman đã đúng và rằng Xô Viết đã phản bội họ. Sau khi phá hủy lực lượng xâm lược ở Cuba, Đồng Minh khởi động Chiến dịch Chronostorm và dịch chuyển lực lượng của họ để tiêu diệt pháo đài của Cherdenko tại Leningrad để ngăn chặn ông ta bỏ chạy ra ngoài không gian. Cuối cùng, Cherdenko và Krukov bị giam trong một nhà tù Cryo suốt đời do những tội ác chống lại nhân loại. Trong khi đó, Trung úy Eva và Tanya đều yêu cầu có 1 cuộc hẹn với người chơi. Phó Tổng thống Hoa Kỳ, thì chấp nhận quyền lực mới như là Tổng thống mới của Mỹ trong bài phát biểu công khai.

Đế Chế Mặt Trời Mọc

Chiến dịch của Empire of the Rising Sun bắt đầu với một cuộc xâm lược quy mô đầy đủ vào Liên bang Xô viết, trong khi Xô Viết đang đẩy Đồng Minh đến bờ vực của sự thất bại. Cuộc xâm lược bắt đầu với một tàu vận tải được cải trang tiến vào thành phố ven biển Vorkuta của Xô Viết đang kỷ niệm năm mới. Khi thủ đoạn này bị phát hiện, thành phố được lệnh bị phá hủy. Chiến thuật ban đầu của Nhật hoàng Yoshiro liên quan đến việc đánh vào các mục tiêu tượng trưng như là đài kỷ niệm để gây ảnh hưởng đến ý chí và tinh thần của Xô Viết và sau đó, chiếm một trạm thu phát sóng ở Hoa Kỳ để sử dụng trong việc tuyên truyền chống Đồng Minh. Mặt khác, người con trai ít đi theo truyền thống của Nhật hoàng, Thái tử Tatsu, chủ trương tấn công các mục tiêu quân sự đúng nghĩa mặc dù cha ông thường sẽ bác bỏ và buộc ông chiến đấu ở nơi khác. Thái tử Tatsu là một người có hứng thú về công nghệ trong nỗ lực của ông về việc hiện đại hóa quân đội.

Khi Empire of the Rising Sun ngày càng tiến sâu vào lãnh thổ Xô Viết và Đồng Minh thì Đồng Minh thực hiện một hiệp ước tuyệt vọng và cố gắng tập trung đủ lực lượng để phản công. Nhật hoàng tin rằng ông đã nghiền nát tất cả mọi hy vọng về tự do của Đồng Minh. Lực lượng của Empire chiếm phần lớn phía tây nước Nga và tiến hành thảm sát tàn bạo bất cứ ai chống lại. Một tướng Xô Viết tại thành phố Odessa từ chối đầu hàng, và kết quả là thành phố bị phá hủy bởi một robot nguyên mẫu ba mặt có tên là "Shogun Executioner". Các điểm mốc như một nhà thờ, nhà hát opera, và một bệnh viện là mục tiêu để phá huỷ. Tuy nhiên lực lượng của Empire đã phải lui vào phòng thủ chống lại Đồng Minh, những người vẫn còn có đủ sức mạnh để mở cuộc tấn công quy mô đầy đủ vào Trân Châu Cảng tại quần đảo của Empire trên Hawaii và trên một trong những pháo đài nổi của Empire. Mặc dù cả hai cuộc tấn công đều bị đẩy lùi, một lực lượng liên quân của Đồng Minh-Xô Viết đã giành được một chỗ đứng ở Tokyo.

Thay thế Tổng thống Mỹ Ackerman với một robot do thám, Nhật hoàng biết được việc Zelinsky đào ngũ và làm thế nào ông đã giúp Cherdenko thay đổi lịch sử thông qua du lịch thời gian. Điều này tàn phá Nhật hoàng, vì không có Thiên mệnh nếu lịch sử có thể được thay đổi. Ông trao quyền của Mạc phủ (nhà lãnh đạo quân sự của Empire) cho con trai của mình. Theo mệnh lệnh của Tatsu, lực lượng xâm lược của Xô Viết-Đồng Minh vào Tokyo bị đẩy lùi, và một cuộc tấn công quy mô đầy đủ vào điện Kremlin với cái chết của Thủ tướng Cherdenko và Tướng Krukov-mặc cho một nỗ lực vào phút cuối cùng của Cherdenko để vận hành máy thời gian sau khi Kremlin bị phá hủy. Điều này kết thúc cuộc chiến chống lại Xô Viết với việc Liên Xô (và các đồng minh của họ) đầu hàng Empire. Sự thành công này tiếp tục cho phép Yoshiro vượt qua mặc cảm tội lỗi của mình và mở ra ý tưởng của ông rằng lý tưởng của Tatsu sẽ giúp Empire có thể tạo ra vận mệnh của chính mình.

Trong nhiệm vụ cuối cùng, người chơi được lệnh mở một cuộc tấn công chống lại lực lượng Đồng Minh còn sót lại ở Amsterdam là nơi họ làm chỗ đứng cuối cùng của họ để bảo vệ trụ sở chính của Đồng Minh cũng như trụ sở chính của FutureTech-công ty chịu trách nhiệm của những tiến bộ công nghệ của Đồng Minh. Cuộc chiến ác liệt từ ngôi nhà này sang ngôi nhà khác dẫn đến kết quả là sự phá hủy cả thành phố và hàng triệu người tử vong. Mặc dù Đồng Minh bị áp đảo về quân số, hầu hết các lực lượng xâm lược của Nhật Bản đều bị tiêu diệt. Mặc cho Tiến sĩ Zelinsky đến với quân tiếp viện của Xô Viết và triển khai một nguyên mẫu vũ khí của FutureTech có khả năng phá hủy tất cả mọi thứ trong thành phố, Empire đã thành công trong việc đánh bại Đồng Minh và phá hủy FutureTech và những gì còn lại của Xô Viết, để cho Empire of the Rising Sun tự do thống trị thế giới. Người chơi được tặng danh hiệu "Supreme Shogun". Tình báo viên Suki Toyama, mời người chơi đến một địa điểm trên bờ biển phía bắc của Oahu một thời gian, ngụ ý rằng cô ấy có nhiều cảm xúc lãng mạn cho anh ta.